Юги Муто - пятнадцатилетний школьник низкого роста и со странной прической. Тем не менее он является лучшим игроком в «Duel Monsters». Однажды он собрал «Тысячелетнюю головоломку», в результате чего объединился с душой фараона, жившего 5000 лет назад. По характеру добродушный и мягкий, однако всегда готов постоять за друзей. Во время дуэлей и стрессовых ситуаций его заменяет Атем.
Атем - загадочный дух «Тысячелетней головоломки». Когда-то он правил Древним Египтом, пока древнее зло не вырвалось на свободу. Чтобы спасти мир, он использовал силу «Тысячелетней головоломки», но его дух оказался заточен внутри неё. 5000 лет спустя Юги разгадал «Головоломки», и Фараон «поселился» внутри тела Юги, однако напрочь забыл все, даже свое имя (которое раскрывается только в конце сериала). Он иногда появляется из «Головоломки», но как призрак, которого видит только Юги. Во время поединков они меняются местами: тело Фараона становится материальным, а Юги — призрачным, то есть фактически сражается Фараон, а Юги его поддерживает. Примечательно, что с первых серий аниме кажется, что Юги и Фараон — одно и то же лицо. Даже сам Юги считал, что используя «Тысячелетнюю головоломку» он превращается в более улучшенную версию самого себя, однако позже понимает, что голос в его голове — это совсем другой человек. Полностью Юги осознает существование Фараона в конце первого сезона, где он называет себя Ями, остальные вплоть до конца 4 сезона называют Фараона «Юги». Непонятно, почему так долго никто не видел между ними разницы. Фараон очень похож на Юги, однако постарше, выше ростом и обладает более низким голосом. По характеру изначально был горд и довольно жесток, но благодаря Юги становится более мягким.
Кацуя Дзёноти - когда-то они с Хондой часто дразнили Юги из-за его маленького роста, пока однажды их чуть не избил школьный громила. Но Юги заступился за них, и все удары достались ему. Пристыдившись, они извинились перед Юги и с тех пор стали его лучшими друзьями. Благодаря Юги Дзёноти научился играть в «Duel Monsters» и добился определенных успехов. У него есть младшая сестра Сидзука.
Сэто Кайба - главный соперник Юги и глава компании «Kaiba Corporation». Поначалу предстает как отрицательный персонаж, но по мере развития сюжета становится союзником. Именно он изобрел компьютерные симуляторы, которые способны создавать 3D голограммы карт «Duel Monsters», что делает игру реалистичной. Считался игроком № 1 в мире, но проиграл этот титул Юги. Постоянно работает над своими компьютерами, отвергая дружбу. Единственный, о ком он заботится, его брат Мокуба. Дело в том, что много лет назад их родители погибли, и их усыновил богатый, но жестокий бизнесмен Кодзаборо Кайба, который и показал Сэто, что в мире выживает лишь сильнейший. С тех пор Кайба стал холодным и замкнутым. Постоянно пытается доказать, что он лучший игрок, чем Юги, однако ему это не удается.