1 сезон
Duelist Kingdom
Пегас Дж. Кроуфорд, создатель «Duel Monsters», с помощью «Тысячелетнего Ока» похищает душу дедушки Юги, Сугороку Муто. Теперь Юги вынужден принять участие в его турнире за титул «Короля Игры». В турнире также участвует его друг Кацуя Дзёноти, чтобы выиграть деньги и оплатить операцию его сестры. Тем временем, Пегас и совет директоров «KaibaCorp» пытаются снять Сэто Кайба с поста главы корпорации.
2 сезон
Battle City
Услышав о легендарных картах Богов, Кайба решает, что с их помощью он сможет победить Юги. С целью получить карты он организовывает собственный турнир. Юги, также услышав о картах, узнаёт, что они связаны с древней легендой и с самим Фараоном. Тем временем объявляется Марик Иштар - хранитель Гробницы Фараона, но желающий заполучить его силу для себя и отомстить за род Иштар. И для этого ему нужно победить Фараона.
3 сезон
Виртуальный мир Ноа
Юги, Кайба, Дзёноти и Марик держат путь к месту финального поединка, но вдруг всё идёт совсем не по плану. Герои обнаруживают себя запертыми в виртуальном измерении, где встречают пропавшего приёмного отца Кайбы Козаборо и его сына Ноа, которые жаждут мести.
4 сезон
Пробудившиеся драконы
Некая древняя организация крадёт карты Богов и во время поединков похищает души людей с помощью таинственной карты «Печать Орихалка». Выясняется, что дуэльные монстры существовали ещё 10000 лет назад во времена Атлантиды. Теперь её бывший правитель Дарц хочет пожертвовать души людей и монстров, чтобы возродить древнее чудовище - Левиафана. Чтобы остановить его, Юги, Кайба и Дзёноти используют карты трёх Легендарных драконов.
5 сезон
Большой Чемпионат
Чтобы вернуть популярность и деньги своей корпорации, Кайба организовывает очередной турнир, однако один из участников играет не по правилам.
Воспоминания Фараона
Теперь Фараон наконец-то может вспомнить своё прошлое. Он возвращается глубоко в свои воспоминания, к началу дуэльных монстров и «Тысячелетних артефактов». Вслед за ним отправляются Юги с друзьями, а также древнее зло, ждавшее мести вот уже 5000 лет.