Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Это привело к освобождению огромной темной энергии, способной уничтожить весь мир. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных «Тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести жрецов.
Прошло 3000 лет (5000 в английской версии). Весь мир увлечен «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» (англ. Millennium Puzzle) - древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка. Теперь Юги объединен с душой фараона по имени Атем, потерявшего память. История рассказывает о том, как Юги и его друзья пытаются разгадать секрет потерянной памяти фараона с помощью карточной игры «Duel Monsters», встречая на своем пути других обладателей Тысячелетних артефактов.